Александр Муратов родился 15 февраля 1952 года в Ленинграде (ныне Санкт-Петербург). В 1978 году окончил режиссёрский факультет ВГИКа, мастерскую Юрия Егорова. Дипломной работой стала короткометражка «Хористка» по одноименному рассказу А.П. Чехова.
Работал режиссёром-постановщиком на киностудии «Ленфильм». С 1989 года — режиссёр-постановщик киностудии «Мосфильм».
В 1982 году снял детектив «Таможня». Далее были ленты «Моонзунд», «Восемь дней надежды», «Криминальный квартет», «По прозвищу «Зверь», и другие.
В 2015 году представил молодежный фильм «Достали!». Этот, как и другие фильмы режиссера, получили много наград на кинофестивалях.
В режиссерской копилке есть также замечательные сериалы, такие как «Королева Марго», «Девять неизвестных», «Шериф», «Алхимик. Эликсир Фауста», последний сериал — «Петербургский роман».
Александр Муратов преподавал режиссуру игрового кино в Ленинградском институте культуры.
В 2015 году награждён Почётной грамотой Президента Российской Федерации за заслуги в развитии отечественной культуры и многолетнюю плодотворную деятельность.
Заслуженный деятель искусств Российской Федерации (2003).
Союз кинематографистов России поздравляет Александра Александровича Муратова с юбилеем, желает новых творческих поисков и свершений, здоровья и сил!